深圳包装设计公司的收费方式主要分为以下几种：

1. 固定费用收费模式：即包装设计公司根据项目的复杂程度、设计资源投入以及预计工作时间等因素，对客户收取固定的设计费用。这种方式适用于设计项目较稳定、要求明确、工作量较小的客户。

2. 按小时计费模式：包装设计公司根据设计师的工作小时数来计费，一般会对每个设计师的工作时间进行详细记录，然后按照设计师的小时计费标准来进行结算。这种方式适用于设计项目较为复杂、要求灵活、工作量较大的客户。

3. 按项目计费模式：包装设计公司根据设计项目的整体需求以及设计师的工作量来进行收费，收取一定的项目管理费用以及设计师的工作费用。这种方式适用于项目较大、需要全程设计服务的客户。

4. 成功报酬模式：适用于设计公司与客户共同合作的项目，根据项目的成功与否来决定设计费用的支付。一般会按照达成的目标、销售额或者其他衡量项目成功的指标进行费用的分配。这种方式对于双方都有一定的风险，但也有可能带来更高的回报。

在深圳的包装设计市场中，收费标准会受到多方面因素的影响，包括但不限于以下几点：

1. 设计师的资历与经验。经验丰富的设计师通常会有更高的收费标准，因为他们对行业的了解更全面，可以提供更具价值的设计方案。

2. 项目的复杂程度。设计师在进行包装设计时需要考虑的因素很多，包括品牌定位、目标市场、材料选择、包装结构设计等，复杂的设计项目需要更多的时间和精力，因此收费标准会相应提高。

3. 设计公司的知名度与口碑。知名度较高的包装设计公司通常会有更高的收费标准，因为他们具有更多的项目经验和优质的客户资源。

4. 市场竞争状况。深圳是包装设计行业较为集中的城市，竞争激烈，设计公司之间的收费标准也会有一定的差异，一些公司可能会以较低的价格吸引客户，而一些公司则会通过提供高品质的设计服务来获得市场份额。

总体来说，深圳的包装设计公司在收费方面会根据具体的项目需求以及设计师的工作量和知名度等因素进行综合考量，并制定相应的收费标准。对于客户来说，选择合适的设计公司需要综合考虑价格、服务质量、设计能力等因素，以满足自身的需求并取得最佳的设计效果。